在日本馆的设计中，安藤忠雄的设计主旨是强调材料本质的运用，如不施油漆的木构和粉墙，他试图用一种现代技术来重新诠释日本传统建筑文化。

日本馆建筑高25m、进深达40m，堪称是世界上最大的木结构建筑之一。建筑在地面以上有4层，由胶合木梁柱体系支承。屋顶是半透明的特弗隆张拉膜结构，建筑正面和背面均为条状木板做成的弧面外墙。该建筑虽然使用的是集成木材这样的现代材料，但仍很好表达了斗拱的构成美。

不仅仅是设计，利用规格化的材料进行装配化生产、有组织地进行施工的这种建造过程的合理性也非常重要。如果是混凝土，等待干燥需要时间，工期也就自然变长。像世博会这样的项目，必须要在短时间内进行建造。选择木构，从施工这一点来看也非常有利。